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莫明带着修复的七煌器灵凝雨坐专机来到日本某岛屿，这里是九卿总部。配合其行动的是御管部门的江河，他告诉莫明，他们已经查到九卿总部有很多机枪手，他们为此制定了详细的行动计划。莫明却没有耐心听他说完全部行动计划，而是直接从飞机上跳下去直接坠落到岛屿上。莫明如同战神一般所向披靡，被修复好的凝雨幻化成人形相助莫明打败岛屿外围的守卫。
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夏望冬单独和莫明进行了谈话，他问莫明是否真的想好用血清改变血脉替重黎分担诅咒。莫明称自己已经决定，夏望冬担忧地提醒莫明，如果他这么做将不可逆转，他希望莫明好好想想。莫明毫不犹豫地说自己想好了。夏望冬含蓄地告诉莫明处理好一些该处理的事，莫明明白，他去医院看了昏迷一年之久没有苏醒的母亲。断魂拜访了林晨玉家，他告诉林晨玉自己加入了御管部门。
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夜晚一普通居民小巷，一个年轻女孩正独自行走，一个胖胖的男子突然拦住她把她逼到墙角欲行非礼。就在女孩绝望时，莫明的声音从男子身后传来。男子从莫明身上凛冽的气息里认出他是天工会的人，男子吓得仓皇逃离，莫明穷追不舍，凝雨也化身人形从另一边围堵过去。男子慌不择路逃走时撞到一个卖菜回来的大婶，大婶一车的菜被撞的散落一地。
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S市商业街发生多起命案，御管部门通过此次事件决定对莫明进行严惩，并将消灭器灵再提上日程。罪行盘问中，莫明突然激动，发疯似的要去寻找自己的母亲，体内的诅咒逐渐发作，他处的重黎开始回应，诅咒导致莫明咳血不止，这时一支镇定剂让莫明恢复了平静。实验室中的反噬体已经被实验折磨的只剩皮包骨，而实验进展也开始有了眉目。
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莫明做噩梦醒来，长舒一口气，好险器灵还在。餐厅中莫明和重黎谈起了身边人的欺骗，只有重黎的死才能换来母亲的苏醒，这简直是笑话，重黎严肃地回答说这不是谎言，是事实，莫明警告重黎不许在自己前面死掉。夏望冬若有所思地提醒夏知秋远离器灵，夏知秋质问夏望冬当初为何让她不要放弃那对自相残杀的兄弟，现在却变了卦，如今的办法只有自救，夏望冬已经帮不上忙。
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苏夜抱着怀里死去的贝贝痛苦不已。莫明和重黎去看望受伤的天音，林晨玉提醒莫明注意隐藏自己，免得被通缉。怀恨在心的苏夜找到莫明上来就是一拳，莫明和重黎得知贝贝的死讯震惊不已，莫明自责不再反抗，苏夜无奈有苦难言，拿出铁册天书放出了贝贝的灵魂，贝贝即将成为器灵。徐福对织田剑和宇多田的办事成果很是不满，下达命令要拿回铁册天书。
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云流不知莫明怎么会知道自己来孤儿院，莫明坦白地告诉他，孤儿院每个月都有一笔神秘的收入，只要自己稍微查一下很轻松地知道寄款的人是云流。莫明坦陈自己知道云流跟九卿其他人不一样，他让云流把白天洛的下落告诉自己。云流起初不肯，莫明对之晓之于理，云流犹豫起来。
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白天洛到医院看望母亲，他心情沉痛地紧紧握住母亲的手。这时莫明从病房外走进来，他难以置信地看着恢复理智的正常的白天洛。白天洛回头看到了莫明，兄弟俩如同久别重逢一般紧紧拥抱。可短暂的喜悦过后，莫明突然问白天洛是不是加入了御管部门。白天洛告诉莫明，自己认为夏望冬的主张是对的，器灵必须消灭，不然莫明和母亲也不会变成这个样子。莫明仍然坚持自己的主张，他不愿伤害重黎。
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莫明深情地告诉重黎自己从没有把她和凝雨当成器灵，在他心里她们都是自己最亲的人。但他怕这次回去救凝雨时会忍不住伤害御管部门的人，所以他不想重黎跟他一起冒险。重黎听到这里已经泪流满面，她知道莫明想让自己走。莫明伤感地转身准备离开，重黎却从他身后紧紧抱住他，她坚持生死都要和莫明在一起。
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九卿的人侵入御管部门，御部部门里警报声大作。御部部门里被关押的九卿器灵中因为有龙级器灵，而他们研制的针剂只对鬼级器灵有用，龙级器灵见九卿侵入马上反击，他们杀死了试验人员。断魂听到警报声，他把试验人员交给凝雨保护，他则迅速加入战斗。一向胆小怕事的凝雨勇敢站出来保护几个试验人员，断魂也不计前嫌地保护御管部门的人。最后大家一同撤离到一间大仓库里，此时宇多田带着九卿的人占领了御管部门的控制中心。
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御管部门的人在张局长和夏望冬带领下到墓园送别断魂和江河，莫明和重黎凝雨站在不远处看着这一切。夏望冬走过来向莫明鞠躬，因赶走宇多田救了大家向他表示感谢。莫明谦逊地扶住夏望冬，莫明知道夏望冬还有话说。果然夏望冬接着说，七煌器灵御管部门不会放弃，因为这是他的职责。但夏望冬说自己会向上级部门申请，让器灵们有一个生存的空间。莫明惊喜，他本就希望保全器灵。
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莫明和重黎凝雨走在路上突然遇到苏夜，苏夜劝莫明不用再回家了，因为莫明再一次被通缉，而重黎已经被御管部门判了死刑。莫明大惊。莫明一行去了苏夜那里，苏夜对大家分析称，不管是为了重黎还是为了帮天音修复小狐丸，他们必须尽快拿到锻造残章。苏夜担忧地分析了御管部门目前的实力，莫明称他们现在还有一个办法争取到空海悠。天音却质疑莫明现在的实力。
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林晨玉默不作声地看着桌子上与御灵师们的合照心里百感交集。善解人意的雪月从林晨玉身后紧紧抱住了他，她清楚林晨玉的决定。林晨玉此时也潸然泪下，他们之间平静的一直向往的日子终于要结束了，两人都是万般不舍。此时在铁路旁莫明和御管部门的人正对峙，双方剑拔弩张。莫明知道这一战在所难免，只是跟自己的兄弟夏望冬动手让他还是心痛不已。
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莫明到医院看望母亲后又去看望了林晨玉，林晨玉在和徐福作战时受了重伤。林晨玉告诉莫明，苏夜正在修复重黎他为什么不去看看。莫明欲言又止地告诉林晨玉，夏知秋的死让他觉得无法面对其他人，他也觉得自己根本没有能力去打败徐福，他只有逃避。林晨玉却虚弱地说，是江河点醒了自己，所以自己才去做了应该做的事，尽了自己的责任。而现在莫明也应该勇敢去承担自己的责任。
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莫明苏夜等人一起商量对付徐福和九卿的事。苏夜不明白以徐福的本事应该可以在日本称王，为什么他不这么做却执着于锻造残章，他到底是什么目的。莫明郑重地看着重黎称，他们可以去试试对付徐福。重黎视死如归地说，就算打不过大不了她和莫明同归于尽。这时莫明突然接到电话，他接完电话失望在告诉大家，已经来不及了。原来徐福用魂石将普通人变成了器灵，而这种器灵又乱开杀戒。
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夏望冬以一人之力解决了所有器灵，武力值令人望而生畏。莫明带着一众人和徐福的九卿在岸边对峙，徐福表示自己是为了一个承诺才展开如此杀戒，就算摧毁整个世界也在所不惜，莫明对此很是不满。天音在旁实在看不下去便向九卿出手，萌系少年空海悠打算阻拦天音却没能成功。莫明拿出收集到的魂石质问徐福，徐福称之为宝石，并以此助自己一臂之力。
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苏夜为了灵曦与自己的父亲对峙，苏夜坦言之前一直以为灵曦想被净化，但自己错了，灵曦从始至终都想让苏家能够喜乐安康，平凡地安稳生活，而不是锻造之法的传承，但苏家执着于此导致星散云流，世代亡命天涯，而如今只剩下苏夜和父亲自相残杀，这些都不是灵曦想看到的。就在这时，灵曦与苏夜的契合度提高了，只差一点点就能彻底压制，于是贝贝变成苏夜的样子与苏夜共同战斗。
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